La variante amazónica ya predomina entre los casos de COVID-19 en una ciudad situada 2.500 km de Manaos

En Araraquara, una localidad del estado de São Paulo, investigadores detectaron el linaje P.1. en el 93 % de las muestras de pacientes diagnosticados en un centro de atención primaria durante los dos primeros meses de 2021

Por Karina Toledo  |  Agência FAPESP – Los datos preliminares de un nuevo estudio indican que la variante del nuevo coronavirus denominada P.1., endémica de la región amazónica brasileña, ya predomina en Araraquara, una ciudad del interior del estado de São Paulo, en la región sudeste de Brasil. 

Araraquara está ubicada a más de 2.500 kilómetros de Manaos, la capital del estado brasileño de Amazonas. Y allí, la ocupación de camas de Unidades de Terapia Intensiva (UTI) para COVID-19 llegó al 100 % el pasado 15 de febrero, mes a partir del cual la ciudad pasó a registrar también récords de nuevos casos, internaciones y muertes causadas por la enfermedad.

Investigadores del Instituto de Medicina Tropical de la Universidad de São Paulo (IMT-USP) analizaron 57 muestras de secreciones nasofaríngeas extraídas de pacientes de Araraquara con diagnósticos confirmados entre los días 25 de enero y 23 de febrero de 2021 en un centro de atención primaria o UBS (Unidad Básica de Salud). En el 93 % de los casos, los test revelaron la presencia de la nueva cepa, a la que se considera alrededor dos veces más transmisible que su predecesora (el linaje B.1.128).

“Hasta el día 17 de febrero aún encontrábamos algunos casos de infección con otros linajes. A partir de entonces, fueron todos con el linaje P.1.”, le comenta a Agência FAPESP Camila Romano, coordinadora de la investigación.

Este trabajo forma parte de un proyecto que cuenta con el apoyo de la FAPESP, cuyo objetivo consiste en evaluar la transmisión domiciliaria del SARS-CoV-2 en Araraquara. Tan pronto como se detectó el linaje P.1. en dicha ciudad y el sistema de salud local empezó a dar señales de colapso, el grupo del IMT-USP se contactó con colaboradores para obtener muestras de sus habitantes e intentar medir la prevalencia de la nueva variante.

Los primeros análisis se concretaron con material de 22 pacientes hospitalizados. “Como ya estaban internados hacía muchos días, era de esperarse que la carga viral en sus organismos fuera muy baja y, por ese motivo, difícil de analizar. Empero, asombrosamente, logramos secuenciar el ARN del virus en 14 muestras, de las cuales 12 dieron positivo para el linaje P.1.”, afirma Romano.

El siguiente paso consistió en evaluar las muestras de la comunidad, es decir, de personas atendidas en UBS y que no necesariamente padecían comorbilidades o que evolucionaron hacia casos graves, lo que permitiría obtener un retrato más representativo de la población de Araraquara.

Para dotar de mayor velocidad al proceso de análisis, y también para abaratarlo, el grupo del IMT-USP desarrolló una metodología que no requiere de la secuenciación del genoma viral.

“Diseñamos un nuevo ensayo de RT-PCR, similar al que se utiliza para el diagnóstico, pero con capacidad para determinar qué casos positivos de COVID-19 están relacionados con el linaje P.1.”, explica Romano.

Según la investigadora, esta estrategia fue posible porque la variante brasileña exhibe una mutación clave similar a la que se observa en las variantes más transmisibles detectadas en el Reino Unido (B.1.1.7) y en Sudáfrica (B.1.351), en un gen denominado NSP6. Dicho gen codifica a una proteína que participa en los procesos de replicación viral y la mutación se caracteriza por la deleción de tres aminoácidos, es decir, por la pérdida de nueve nucleótidos.

“Le añadimos al protocolo del RT-PCR un primer [el segmento de ácidos nucleicos complementario al material genético que se pretende estudiar] más, que solamente ‘se enciende’ cuando esta mutación en el gen NSP6 se encuentra presente”, explica.

Una ventaja adaptativa

Los estudios en que se evaluó el proceso evolutivo del SARS-CoV-2 sugieren que la mutación en el gen NSP6 (codificador de la proteína no estructural 6) surgió simultáneamente en las variantes P.1., B.1.1.7 y B.1.351, aunque no estaba presente en el ancestro común de las tres cepas.

“Esta y otras mutaciones en la proteína spike [que se une al receptor de las células humanas para viabilizar la infección] parecen dotar de una importante ventaja adaptativa al virus, que ahora logra propagarse aún mejor. En las ciudades donde ya se ha detectado la presencia del linaje P.1., estamos observando un significativo cambio en el comportamiento de la epidemia”, dice Romano.

Un estudio dado a conocer recientemente por científicos del Centro Brasil-Reino Unido para el Descubrimiento, el Diagnóstico, la Genómica y la Epidemiología de Arbovirus (CADDE) –que también colaboran en este estudio coordinado por Romano– indica que la variante brasileña emergió en noviembre de 2020 y que en tan solo siete semanas se convirtió en la de mayor prevalencia en la ciudad de Manaos, capital del estado norteño de Amazonas (lea más en: agencia.fapesp.br/35426). 

“Todavía no sabemos cuándo entró en Araraquara el linaje P.1. exactamente: estamos analizando muestras más antiguas para intentar descubrirlo. Pero los datos que poseemos hasta ahora sugieren que también en esa ciudad se convirtió en el más prevalente en menos de dos meses”, afirma Romano. “Es inusual que un linaje emergente reemplace completamente a otro ya afianzado en tan poco tiempo, más aún cuando existe un foco epidémico activo y una gran cantidad de personas ya infectadas. Esto es escalofriante, y muestra el poder de este virus.”