Investigadores brasileños desarrollan un test para diagnosticar el COVID-19 a través de la saliva

El nuevo análisis podrá costar una cuarta parte del valor de la prueba de RT-PCR, el patrón oro en detección de la enfermedad

Por Elton Alisson  |  Agência FAPESP – Científicos del Centro de Estudios del Genoma Humano y de Células Madre (CEGH-CEL) de Brasil, con sede en la Universidad de São Paulo (USP), se aprestan a concluir el desarrollo de un test capaz de diagnosticar el COVID-19 a través de la saliva.

El nuevo análisis podrá costar una cuarta parte del valor del test de RT-PCR, considerado como el patrón oro para el diagnóstico de la enfermedad y que los laboratorios en Brasil realizan a un costo que varía entre 350 y 400 reales.

El CEGH-CEL está vinculado al Instituto de Biociencias (IB) de la USP, y es uno de los Centros de Investigación, Innovación y Difusión (CEPIDs) financiados por la FAPESP.

“Al igual que el test mediante el método de RT-PCR, esta prueba alternativa se aplicará para detectar el virus durante la infección”, dice Maria Rita Passos-Bueno, investigadora del CEGH-CEL y coordinadora del proyecto.

El método será similar a los que ya se han desarrollado en Brasil y en otros países con el objetivo de incrementar la disponibilidad y la rapidez y disminuir los costos de realización de test moleculares mediante simplificaciones de los procesos.

En Estados Unidos, por ejemplo, la Food and Drug Administration (FDA) –que es la agencia reguladora de alimentos y fármacos– ya otorgó la autorización para el uso en carácter de emergencia referente a cinco test de diagnóstico de COVID-19 basados en la saliva. La última fue para un test llamado SalivaDirect, desarrollado por investigadores de la Universidad Yale.

En Brasil, el laboratorio de genómica Mendelics creó y comercializa un test similar, e investigadores de la Universidad Federal de Goiás están desarrollando un kit de diagnóstico que va en la misma línea.

Un método más sencillo

Los nuevos test se basan en una técnica molecular que se utiliza ampliamente para el diagnóstico de enfermedades infecciosas tales como el dengue, el chikunguña, la hepatitis A y el zika, llamada RT-LAMP (las siglas en inglés de transcripción reversa seguida de amplificación isotérmica mediada por asa).

Esta técnica molecular posee algunas semejanzas con el método RT-PCR, en el que se utilizan como muestras para la realización de los test secreciones extraídas del fondo de la garganta y de la nariz. En ambas técnicas se inducen reacciones para la realización de una etapa de transcripción reversa (RT), en la cual el ARN del virus se transforma en ADN, y una fase de amplificación, cuando se replican partes específicas del virus millones de veces para poder detectarlo.

Pero el RT-LAMP no requiere de la extracción del ARN del virus para su detección, algo que sí es necesario en el RT-PCR y que se efectúa mediante la aplicación de reactivos que se importan en Brasil, lo que significa que, aparte de ser caros, a menudo hay escasez de estos insumos en el mercado, cosa que depende de la demanda. Otra ventaja del RT-LAMP reside en que no requiere del uso de aparatos complejos de laboratorio, como el termociclador en tiempo real que se utiliza para amplificar y detectar el ARN a través de la exposición del material a distintas temperaturas.

“Aparte de que la amplificación del material viral se concreta en una sola etapa, sin necesidad de extraer el ARN, el RT-LAMP también permite que el proceso transcurra a una temperatura fija de 65 °C, por ejemplo, y se lleva a cabo con equipo sencillos, como un recipiente a baño maría. Esto también contribuye en la simplificación del proceso y acorta el tiempo necesario para que salga el resultado”, afirma Passos-Bueno.

Con el RT-LAMP, la eliminación de la etapa de extracción del ARN –que es la más lenta y compleja– no solamente permite acortar el tiempo, sino que también hace posible bajar el costo del test, según explica la investigadora.

“La etapa de extracción del ARN en el test de RT-PCR puede tardar de una a cinco horas, dependiendo del sistema utilizado. La eliminación de esta etapa permite una disminución de un 30% en el valor final del test de RT-LAMP”, dice.

La eliminación de la etapa de extracción del ARN con el test de RT-LAMP es posible mediante la rotura de la cápsida vírica por calentamiento y el agregado de una solución que el grupo desarrolló, que estabiliza el virus para efectuar los procesos de conversión del ARN viral en ADN y la amplificación del material genético del mismo para facilitar su detección en la saliva.

Todo este proceso transcurre a temperatura constante, mediante la aplicación de un método denominado amplificación isotérmica medida con loop (LAMP, por sus siglas en inglés).

Con todo, las enzimas necesarias para la concreción de este proceso se importan y constituyen su costo mayor. Pero un grupo de investigadores del Instituto de Química de la USP, encabezado por el profesor Shaker Chuck Farah desarrolló esas enzimas en laboratorio.

“Logramos concretar la producción nacional de esas enzimas, que constituyen los principales insumos del test. Esto hará posible bajar aún más los costos”, afirma Passos-Bueno.

La estandarización del test

Los investigadores pretenden ahora avanzar en la etapa de estandarización del test mediante la utilización de soluciones químicas que permitan mantener el ARN del virus estable durante un largo tiempo, de manera tal que no sufra la acción de enzimas presentes en la saliva.

“La saliva posee una serie de sustancias que pueden inhibir la acción de las enzimas, degradar el propio material del virus e interferir en la reacción de amplificación. Por eso estamos desarrollando tapones que permitan estandarizar las condiciones de mantenimiento de la saliva y del ARN del virus, para realizar el test de manera tal de disminuir el riesgo de obtención de falsos negativos”, explica Passos-Bueno.

El test ha presentado una especificidad para la detección del nuevo coronavirus del 100%, equivalente a la de las pruebas convencionales. Los investigadores pretenden ahora aumentar aún más su sensibilidad para que sea capaz de detectar el virus con una cantidad muy baja de copias presentes en la saliva.

“El test posee actualmente una buena sensibilidad, con una capacidad para detectar hasta 10 copias del virus por reacción en muestras de saliva”, afirmó la investigadora.

El sistema prevé la extracción a cargo del propio paciente y permitirá recolectar de manera indolora y no invasiva la saliva en un tubo de ensayo. Así se disminuye el riesgo de contagio, pues ya no será necesaria la intervención de un profesional de la salud vestido con sus equipos de protección individual y capacitado para la extracción de muestras de la nasofaringe, tal como sucede en el caso del análisis de RT-PCR. Asimismo, la recolección de la saliva no requiere del uso de swabs –los hisopos largos– para el testeo.

Se estima que los resultados estarán disponibles en alrededor de 30 ó 40 minutos. “Puede verse el resultado prácticamente a simple vista, pues el tubo con la muestra de saliva cambia de color de acuerdo con la presencia o la ausencia del virus. El resultado negativo aparece en color rosa y el positivo en amarillo”, dice Passos-Bueno.

Uno de los objetivos de este proyecto consiste en suministrar este test en lugares con poca infraestructura para la extracción y el análisis, mediante la inclusión de los laboratorios de referencia de las universidades y teniendo en la mira la expansión de la capacidad de testeo en Brasil.