Un software libre ayuda a administrar datos de experimentos en Neurociencia

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Agência FAPESP* –Por Karina Toledo
Agência FAPESP – El Centro de Investigación, Innovación y Difusión en Neuromatemática (NeuroMat) –uno de los CEPIDs apoyados por la FAPESP– ha presentado el primer módulo del software libre llamado Neuroscience Experiments System (NES), que ayuda en la organización, el control y la gestión de datos neurofisiológicos clínicos y experimentales.
Esta primera versión de la herramienta, disponible para su descarga en el sitio web https://github.com/neuromat/nes, fue concebida para ofrecer una interfaz amigable destinada al almacenamiento de datos clínicos y evaluaciones médicas de pacientes y voluntarios de experimentos. Además existe una interfaz para la gestión de los cuestionarios electrónicos que se aplican en las investigaciones.
“El software integra un proyecto de construcción de un banco de datos neurofisiológicos público organizado por el CEPID NeuroMat, una iniciativa pionera en Neurociencia. Asimismo, esperamos que estas iniciativas faciliten la cooperación entre científicos”, dijo Kelly Rosa Braghetto, docente del Departamento de Ciencias de la Computación del Instituto de Matemática y Estadística de la Universidad de São Paulo (IME-USP) e integrante del grupo responsable del desarrollo del NES.
El NeuroMat, creado en 2013 en la USP, congrega a alrededor de 50 investigadores de áreas tales como Matemática, Ciencia de la Computación, Estadística, Neurociencia, Biología, Física y Comunicación de universidades brasileñas y extranjeras. El objetivo del grupo consiste en integrar modelado matemático y Neurociencia en busca de una mejor comprensión del funcionamiento del cerebro humano.
De acuerdo con Braghetto, el primer módulo del software NES se construyó teniendo como modelo los experimentos realizados en el Instituto de Neurología Deolindo Couto (INDC), de la Universidad Federal de Río de Janeiro (UFRJ), bajo la coordinación de la profesora Claudia Vargas, una de las investigadoras principales del CEPID.
“El grupo de la UFRJ realiza un seguimiento de la rehabilitación de pacientes con lesiones en el plexo braquial [un tipo de lesión neurológica que perjudica o movimiento de los brazos y de las manos]. Este primer módulo se desarrolló con el objetivo de registrar datos ambulatorios”, declaró Braghetto a Agência FAPESP.
También se encuentra en etapa de implementación un módulo destinada al registro de información de los protocolos experimentales y de las mediciones fisiológicas recolectadas en las investigaciones.
“A menudo el investigador no registra todos los detalles del protocolo adoptado durante la realización del experimento, tales como ciertos parámetros de la configuración de los aparatos. Esos detalles pueden tener impacto en el análisis de los datos. Este software evitará este tipo de situaciones”, dijo Braghetto.
Código abierto
Según la investigadora, como el código del programa es abierto, los interesados pueden bajarlo y hacerle adaptaciones que contemplen las necesidades de sus propias investigaciones.
El siguiente módulo que se desarrollará tiene el objetivo de gestionar datos recolectados en exámenes de neuroimágenes, tales como resonancias magnéticas. Habrá también un módulo destinado a la gestión de datos obtenidos en experimentos con animales.
La secuencia de implementación de los módulos de adquisición de datos del NES se priorizará en función de las demandas de los laboratorios asociados al CEPID.
El equipo del NeuroMat espera que en el futuro, las bases de datos de experimentos en Neurociencia se compartan entre los científicos.
“El cuidado con la privacidad de los voluntarios y pacientes de quienes se toman los datos constituye una marca fundamental del desarrollo tecnológico del CEPID. La práctica de poner a disposición las bases de datos ya es usual en otras áreas de la ciencia con una cierta frecuencia, pero todavía no es común en Neurociencia”, comentó Braghetto.
Más información en la siguiente dirección: http://neuromat.numec.prp.usp.br.

<p><b>Por Karina Toledo</b></p>
<p><b>Agência FAPESP</b> – El Centro de Investigación, Innovación y Difusión en Neuromatemática (<b><a href="http://cepid.fapesp.br/centro/23" target="_blank">NeuroMat</a></b>) –uno de los CEPIDs apoyados por la FAPESP– ha presentado el primer módulo del <i>software</i> libre llamado Neuroscience Experiments System (NES), que ayuda en la organización, el control y la gestión de datos neurofisiológicos clínicos y experimentales.</p>
<p>Esta primera versión de la herramienta, disponible para su descarga en el sitio web <b><a href="https://github.com/neuromat/nes" target="_blank">https://github.com/neuromat/nes</a></b>, fue concebida para ofrecer una interfaz amigable destinada al almacenamiento de datos clínicos y evaluaciones médicas de pacientes y voluntarios de experimentos. Además existe una interfaz para la gestión de los cuestionarios electrónicos que se aplican en las investigaciones.</p>
<p>“El <i>software</i> integra un proyecto de construcción de un banco de datos neurofisiológicos público organizado por el CEPID NeuroMat, una iniciativa pionera en Neurociencia. Asimismo, esperamos que estas iniciativas faciliten la cooperación entre científicos”, dijo Kelly Rosa Braghetto, docente del Departamento de Ciencias de la Computación del Instituto de Matemática y Estadística de la Universidad de São Paulo (IME-USP) e integrante del grupo responsable del desarrollo del NES.</p>
<p>El NeuroMat, creado en 2013 en la USP, congrega a alrededor de 50 investigadores de áreas tales como Matemática, Ciencia de la Computación, Estadística, Neurociencia, Biología, Física y Comunicación de universidades brasileñas y extranjeras. El objetivo del grupo consiste en integrar modelado matemático y Neurociencia en busca de una mejor comprensión del funcionamiento del cerebro humano.</p>
<p>De acuerdo con Braghetto, el primer módulo del <i>software</i> NES se construyó teniendo como modelo los experimentos realizados en el Instituto de Neurología Deolindo Couto (INDC), de la Universidad Federal de Río de Janeiro (UFRJ), bajo la coordinación de la profesora Claudia Vargas, una de las investigadoras principales del CEPID.</p>
<p>“El grupo de la UFRJ realiza un seguimiento de la rehabilitación de pacientes con lesiones en el plexo braquial [un tipo de lesión neurológica que perjudica o movimiento de los brazos y de las manos]. Este primer módulo se desarrolló con el objetivo de registrar datos ambulatorios”, declaró Braghetto a <b>Agência FAPESP</b>.</p>
<p>También se encuentra en etapa de implementación un módulo destinada al registro de información de los protocolos experimentales y de las mediciones fisiológicas recolectadas en las investigaciones.</p>
<p>“A menudo el investigador no registra todos los detalles del protocolo adoptado durante la realización del experimento, tales como ciertos parámetros de la configuración de los aparatos. Esos detalles pueden tener impacto en el análisis de los datos. Este <i>software</i> evitará este tipo de situaciones”, dijo Braghetto.</p>
<p><b>Código abierto</b></p>
<p>Según la investigadora, como el código del programa es abierto, los interesados pueden bajarlo y hacerle adaptaciones que contemplen las necesidades de sus propias investigaciones.</p>
<p>El siguiente módulo que se desarrollará tiene el objetivo de gestionar datos recolectados en exámenes de neuroimágenes, tales como resonancias magnéticas. Habrá también un módulo destinado a la gestión de datos obtenidos en experimentos con animales.</p>
<p>La secuencia de implementación de los módulos de adquisición de datos del NES se priorizará en función de las demandas de los laboratorios asociados al CEPID.</p>
<p>El equipo del NeuroMat espera que en el futuro, las bases de datos de experimentos en Neurociencia se compartan entre los científicos.</p>
<p>“El cuidado con la privacidad de los voluntarios y pacientes de quienes se toman los datos constituye una marca fundamental del desarrollo tecnológico del CEPID. La práctica de poner a disposición las bases de datos ya es usual en otras áreas de la ciencia con una cierta frecuencia, pero todavía no es común en Neurociencia”, comentó Braghetto.</p>
<p>Más información en la siguiente dirección: <b><a href="http://neuromat.numec.prp.usp.br" target="_blank">http://neuromat.numec.prp.usp.br</a></b>.</p>
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