Una herramienta online facilita el monitoreo de la epidemia de COVID-19 en Brasil

Investigadores brasileños y chilenos desarrollaron una plataforma que permite visualizar la geolocalización de los casos de infecciones, de fallecimientos o de personas vacunadas contra la enfermedad en el transcurso del tiempo

Por Elton Alisson  |  Agência FAPESP – Investigadores de las universidades de São Paulo (USP) y de Chile desarrollaron una herramienta online de georreferenciación que facilita la vigilancia de epidemias como la de COVID-19, al permitir visualizar la geolocalización en el transcurso del tiempo de los casos de infección, de fallecimientos o de personas vacunadas contra la enfermedad en Brasil. De esta forma, dicha plataforma les permite a los gestores sanitarios rastrear brotes o la distribución de vacunas a distintos niveles: un estado, una ciudad, un barrio, una calle e incluso un edificio residencial.

Esta herramienta, denominada Outbreak y desarrollada con el apoyo de la FAPESP, se encuentra disponible gratuitamente y aparece descrita en un artículo publicado en la plataforma arXiv, aún sin revisión por pares.

“Se la creó a los efectos de facilitar la visualización de datos epidemiológicos por los gestores sanitarios, para, de este modo, ayudarlos a detectar en forma dinámica las alteraciones en la evolución de la epidemia, como el incremento de la cantidad de infectados en una área, a rastrear brotes en tiempo real y a tomar decisiones tendientes a minimizar sus efectos”, le dice a la Agência FAPESP Helder Nakaya, vicedirector de la Facultad de Ciencias Farmacéuticas (FCF-USP) y coordinador del proyecto.

Nakaya es uno de los científicos principales del Centro de Investigaciones en Enfermedades Inflamatorias (CRID), un Centro de Investigación, Innovación y Difusión (CEPID) financiado por la FAPESP. 

De acuerdo con el investigador, ya existen paneles epidémicos en la web que exhiben conjuntos de datos de vigilancia de la pandemia de COVID-19, tales como los desarrollados por las universidades Harvard, Johns Hopkins y de Virginia, en Estados Unidos, y por la Organización Mundial de la Salud (OMS). Aunque la mayoría emplean datos de código abierto, se los ejecuta en plataformas propietarias, que suelen ser caras y de difícil construcción, y requieren de conocimientos computacionales específicos. Asimismo, no permiten que los usuarios inserten datos.

Con el objetivo de superar estas limitaciones, la plataforma Outbreak permite que incluso usuarios no expertos inserten datos de manera más conveniente y en una plataforma más amigable.

“Cualquier conjunto de datos, tales como los suministrados por la OMS, el Ministerio de Salud de Brasil, las secretarías de los estados brasileños o los recabados por un centro de atención primaria de la salud [unidades sanitarias conocidas en Brasil por las siglas UBS], puede insertarse en esta herramienta para su visualización en forma dinámica, mediante mapas y animaciones, y con representación gráfica de la línea del tiempo y la geolocalización de los casos de infección, de muerte o de vacunación, por ejemplo”, afirma Nakaya.

En el sitio web de la herramienta hay un tutorial en texto y en video con una descripción detallada de cómo emplearla.

Los datos que se insertarán en la herramienta deben disponerse en un archivo de texto delimitado por tabulación, tal como una planilla de Excel, con columnas fijas con las indicaciones de las coordenadas geográficas (latitud y longitud), fechas y casos de personas infectadas, fallecidas o vacunadas contra el COVID-19, por ejemplo.

Con base en estos datos, los tomadores de decisiones y los epidemiólogos pueden verificar la evolución geográfica de los casos a lo largo del tiempo y clasificarlos según criterios tales como etnia, sexo y edad, entre otros.

Para que los conjuntos de datos sean claros gráficamente a la hora de su exploración, la herramienta permite que los usuarios apliquen colores distintos en cada variable de interés y utilicen el recurso de zum para tener una visión más refinada.

“Un gestor de una UBS puede insertar en la herramienta una planilla con las direcciones de personas diagnosticadas con COVID-19 o vacunadas contra la enfermedad en su área de actuación, por ejemplo, y verificar a través de la plataforma dónde están surgiendo más nuevos casos de contagios o donde hay menos personas vacunadas, y enviar agentes sanitarios para intervenir in situ”, dice Nakaya.

La epidemiología digital

Aparte de ayudar en el seguimiento de epidemias, Outbreak puede emplearse para operar con cualquier tipo de datos y de estudios, tales como poblacionales y de migraciones animales.

La herramienta es uno de los medios que han venido utilizando los investigadores del Laboratorio de Biología de Sistemas Computacionales de la FCF-USP dirigido por Nakaya para avanzar en un área de estudios denominada epidemiología digital. Este nuevo campo se caracteriza por la incorporación de tecnologías digitales al análisis de factores que determinan la frecuencia y la distribución de casos de enfermedades.

Con el historial de localización de los teléfonos celulares, los investigadores del laboratorio analizaron los patrones de movilidad durante la pandemia de COVID-19 en Brasil para monitorear en tiempo real la adhesión de la población a las medidas de distanciamiento social.

“Por medio de estos datos, suministrados por los titulares de los teléfonos celulares en forma voluntaria, es posible correlacionar la movilidad con la transmisibilidad de la enfermedad”, dice Nakaya.

Más recientemente, dos estudiantes de doctorado del laboratorio pusieron en marcha un proyecto en el cual analizaron los temas más buscados en Google al comienzo de la pandemia de COVID-19 en Brasil y durante la segunda y la tercera ola de la enfermedad en el país.

Los análisis, que aún no han sido publicados, revelaron que, al comienzo de la pandemia en Brasil, en marzo de 2020, los temas más buscados por la población nacional se referían a actividades para hacer en casa, tales como aprender a tocar un instrumento musical o un idioma y a coser o cocinar. Con el avance de la pandemia, las búsquedas referentes a estos temas fueron disminuyendo progresivamente.

“Cuando empezaron a surgir los primeros casos de muertes por la enfermedad en Brasil, la gente empezó a buscar realmente cosas para hacer en casa. En tanto, durante la segunda y tercera ola de casos, disminuyó mucho el interés en actividades para entretenerse en casa y aumentó la circulación de gente en las calles”, afirma Nakaya.

También se analizaron datos de la cantidad de coches que pasaron por peajes al principio y tras la evolución de la enfermedad en Brasil. Los análisis apuntaron que al comienzo de la pandemia disminuyó mucho la circulación de coches en el país, pero al cabo de un tiempo los vehículos empezaron a circular por las carreteras en las mismas cantidades de antes.

“La idea es que los gestores sanitarios puedan traducir estos datos recabados con tecnologías digitales en acciones destinadas al control de la epidemia”, dice Nakaya.

Puede leerse el artículo intitulado Outbreak: a user-friendly georeferencing online tool for disease surveillance, de Raúl Arias-Carrasco, Jeevan Giddaluru, Lucas E. Cardozo, Felipe Martins, Vinicius Maracaja-Coutinho y Helder I. Nakaya, en la plataforma arXiv, en el siguiente enlace: arxiv.org/abs/2004.10490.